Có khá ít tài liệu về lịch sử của các tỉnh miền Nam của Sudan cho đến khi người Ai Cập bắt đầu cai trị Bắc Sudan vào đầu những năm 1820 và sau đó tiếp tục vươn về phía nam. Các thông tin trước thời kỳ này phần lớn là qua truyền miệng. Theo truyền thống tín ngưỡng của người dân Nam Sudan, các dân tộc Nin như Dinka, Nuer, Shilluk, và các dân tộc khác đã lần đầu tiến vào nam Sudan trong khoảng thế kỷ X. Trong thời kỳ từ thế kỷ XV đến thế kỷ XIX, các bộ tộc di trú mà phần lớn trong đó đến từ khu vực Bahr el Ghazal đã đến địa bàn nam Sudan hiện nay. Người Azande vốn không thuộc nhóm các dân tộc Nin, đã đến nam Sudan vào thế kỷ XVI và sau đó lập nên một nhà nước lớn nhất tại đây. Người Azande hiện là dân tộc đông dân thứ ba tại Nam Sudan. Họ sống tại các quận Maridi, Yambio và Tambura ở vành đai rừng mưa nhiệt đới thuộc miền tây Equatoria và Bahr el Ghazal. Vào thế kỷ XVIII, người Avungara đã di cư đến và họ đã nhanh chóng áp đặt quyền lực của mình lên người Azande. Sức mạnh của người Avungara đã được duy trì vững chắc cho đến khi Đế quốc Anh xuất hiện tại khu vực vào cuối thế kỷ XIX.[13] Các chướng ngại địa lý đã khiến cho Hồi giáo đã không thể lan truyền được xuống miền nam và người dân nam Sudan vẫn giữ được các di sản xã hội và văn hóa cũng như thể chế chính quyền và tôn giáo của mình.

Người Azande đã có quan hệ khá khó khăn với các dân tộc láng giềng có tên là Moro, Mundu, Pöjulu và các nhóm nhỏ tại Bahr el Ghazal vì chính sách bành trướng của Vua Gbudwe trong thế kỷ XVIII. Người Azande cũng đã từng phải chiến đấu với người Pháp và Bỉ và Mahdist để bảo toàn nền độc lập của mình. Ai Cập dưới sự trị vì của Khedive Isma'il Pasha, đã lần đầu tiên cố gắng thuộc địa hóa khu vực vào những năm 1870, và sau đó lập nên tỉnh Equatoria ở phần phía nam. Thống sứ Ai Cập đầu tiên là Samuel Baker, được ủy quyền năm 1869, tiếp theo sau là Charles George Gordon năm 1874 và Emin Pasha vào năm 1878. Khởi nghĩa Mahdist trong những năm 1880 đã làm mất ổn định tỉnh mới thành lập này, và Equatoria trên thực tế đã không còn là một tiền đồn của Ai Cập từ năm 1889. Các điểm định cư quan trọng tại Equatoria gồm có Lado, Gondokoro, Dufile và Wadelai. Năm 1947, Anh Quốc đã hy vọng sáp nhập phần phía nam của Sudan với Uganda nhưng đã không thành công tại Hội nghị Juba, hội nghị này đã hợp nhất hai miền bắc và nam Sudan.

Nam Sudan đã chịu sự ảnh hưởng tiêu cực từ hai cuộc nội chiến từ khi Sudan giành được độc lập – Chính phủ Sudan đã giao tranh với quân nổi dậy người Anyanya từ 1955 đến 1972 trong Nội chiến Sudan lần 1 và sau đó là với Quân đội/Phong trào Giải phóng Nhân dân Sudan (SPLA/M) trong Nội chiến Sudan lần 2 suốt 21 năm kể từ khi SPLA/M được thành lập vào năm 1983. Hậu quả của nội chiến là cơ sở hạ tầng không những không được phát triển mà còn bị phá hủy hay di dời. Hơn 2,5 triệu người đã chết và hơn 5 triệu người phải đi lánh nạn ở nước ngoài trong khi những người khác tị nạn ngay trong nước, họ trở thành những người tị nạn do nội chiến và những ảnh hưởng của nó. Nam Sudan chủ yếu là nông thôn và nông nghiệp là kế sinh nhai chủ yếu.[14] Bắt đầu năm 2005, kinh tế đã bắt đầu một sự chuyển biến từ chủ yếu là nông thôn sang phát triển các khu vực thành thị.